ここから先、四勢力のクエストラインに分岐する。
いずれの勢力のクエストもある程度までは平行して進められ、他の勢力と敵対する前には警告が出る。
またここに記したいわゆるメインクエスト以外にも、勢力ごとにお使いから本格的なものまで様々なサブクエストがあり、
相互の発生条件はかなり複雑である。
四勢力のメインクエストに絡むクエストを下記に示す。
Instituteを除く全勢力は序盤から協力可能で、彼らのメインクエストの一部と多くのサブクエストはその段階から進行することができる。
一番穏当な選択肢。 Instituteには敵対するが、RailroadやB.O.S.には敵対しない。
ただし、Institute壊滅後になぜかB.O.S.の艦を落とすことができる。 やる必要は基本的にないので、気にしなくてもいい。
最後までクエストを進める気がなくとも、Old Gunsで使用可能になる迫撃砲は超たのしい武器なので、
ぜひそこまでは進めておきたい
過激派その1。 B.O.S.の本隊到着後にRailroadの本拠地を見に行くと、さっそく演説でB.O.S.と敵対することを宣言している。
もちろんメインクエスト中でもプレイヤーはB.O.S.とは敵対が確定。
クエストの内容の関係上、Underground Undercover の進行中にInstituteの構成員を殺したりしてInstituteから追い出されてしまうと、本編の進行ができなくなってしまう。
そうなってしまった場合、Minutemenに合流して彼らのルートで進むことになる。
過激派その2。 なんか構成員の人たちの言動もやばい気がする。
クエストの進行上、Railroadとは当然敵対が確定する。