Instituteを除く全勢力は序盤から協力可能で、彼らのメインクエストの一部と多くのサブクエストはその段階から進行することができる。
The Minutemen(ミニッツメン)
敵対する組織 : Institute、B.O.S(回避可)、Railroad(回避可)
The Railroad(レイルロード)
敵対する組織 : Institue、B.O.S
Brotherhood of Steel(ブラザーフッド・オブ・スティール、B.O.S.)
敵対する組織 : Institute、Railroad
Institute(インスティチュート)
敵対する組織 : B.O.S、Railroad、Minutemen(回避可)